1989年，南云宪一郎以防卫大学校33期毕业进入航空自卫队，曾历任日本航空自卫队航空幕僚监部（相当于空军参谋部）庶务室长、中部航空方面队司令部防卫部长、第6航空团司令兼航空自卫队小松基地司令、中部航空方面队副司令等职，2023年3月起开始担任统合幕僚副长，期间还于2024年2月临时顶替过因病住院的统合幕僚长吉田圭秀的职务。

2025年1月18日，万代南梦宫开发的网游《蓝色协议》（Blue Protocol）正式关服，这个于2014年启动的项目上线一年多便宣布停服，即便游戏在开服第一周曾为万代南梦宫创下60万注册玩家、20万同时在线玩家的记录。